De Moerspui maakte in de Middeleeuwen deel uit van een vaarweg die Gent, via Overslag verbond met Axel en Terneuzen. Door stormvloeden en het opzettelijk doorsteken van zeedijken in de Tachtigjarige Oorlog was de Moerspui flink verbreed en onder invloed van getij komen staan.
Nadat prins Frederik Hendrik in 1644 Sas van Gent en een deel van de linie van Communicatie ten oosten van de vesting had veroverd, bouwden de Spanjaarden in allerijl een nieuwe linie langs de noord-zuid lopende Vennebeek. Op de plaats waar de Vennebeek uitmondde in de Moerspui wierpen de Spanjaarden het noordelijkste fort in deze linie op: Fort Moerspui. Het was een grote vijfhoekige aarden schans met op elke hoek een bastion. Het fort bood plaats aan en bezetting van driehonderd man. Tien dagen na de overgave van Hulst aan Frederik Hendrik werd Fort Moerspui overgedragen aan de Staatsen. Het Fort werd voorzien van iepen, wilgen en een geplaveide hoofdstraat met goten. Ook werden er een schoolmeester-voorganger, een vroedvrouw en, na de bouw van een kerk in 1670, een predikant aangesteld. De hervormde gemeente van Zuiddorpe kwam voort uit de bezetting van dit fort.
Het fort deed dienst tot net na 1700, maar werd slecht onderhouden. In 1701 werd het nog hersteld door de beroemde vestingbouwkundige Menno van Coehoorn, maar na de Spaanse Successieoorlog (1701 – 1714) werd het gesloopt.
Fort Moerspui is een van de weinige forten in de Republiek die als vijfhoek was uitgevoerd. De omtrek van het binnenplein is nog te herkennen aan de vijfhoekige boombeplanting midden in de akker.
