Fort Fuentes werd kort na 1591 opgericht om het Land van Waas te beschermen tegen aanvallen vanuit Hulst. In dat jaar veroverde prins Mauritz van Oranje Hulst op de Spanjaarden. Na deze verovering hielden de Staatsen strooptochten in Spaans gebied waarbij onder meer de parochiekerk van Sint-Gillis-Waas zware schade opliep. Het Spaanse antwoord was de oprichting van enkele forten op de smalle niet overstroomde strook tussen De Klinge en Kieldrecht.
Fort Fuentes speelde ook een belangrijke rol bij de verovering van Hulst door de Spanjaarden in 1596. Landvoogd Albrecht van Oostenrijk (de latere aartshertog) had in het fort zijn hoofdkwartier ingericht en dicteerde er de capitulatievoorwaarden voor de overgave van Hulst. In 1626 werd het fort opnieuw versterkt nadat de Hollanders een mislukte aanval hadden ondernomen. Het fort werd omgedoopt tot Fort Spinola, naar de toenmalige opperbevelhebber van de Spaanse troepen Ambrogio Spinola. Fort Spinola was een vierhoekig gebastioneerd fort omgeven door een natte gracht en een bedekte weg met glacis. Deze versterking kon niet beletten dat het fort in 1645 door de Staatsen werd veroverd als voorbereiding op het beleg van Hulst.
Bij de vredesgesprekken na afloop van de Tachtigjarige oorlog werd bepaald dat Fort Spinola in Staatse handen zou blijven om op die manier een enclave in Spaans gebied te vormen. Deze afspraak bleef echter dode letter. In 1673 kwam het fort achter de Koningsdijk te liggen en verloor het zijn militaire betekenis. Tot het begin van de 20ste eeuw bleef de versterking vrij goed bewaard. Zandwinningen in de omgeving en de uitbouw van een boerderij zorgden er echter voor dat het fort vandaag vrijwel onzichtbaar is. Onlangs werd op de restanten van het fort een metalen vaandel geplaatst dat de ligging van het fort duidelijk maakt voor de fietsers op de Koningsdijk.
