Guillaume d'Orange érigea Fort Lillo en 1579. Avec le Fort Liefkenshoek, de l'autre côté de l'Escaut, il s'inscrit dans la stratégie de défense de Guillaume contre un éventuel siège espagnol d'Anvers. Longtemps après la chute de la ville, ces deux forts continuèrent à contrôler l'accès au port sous l'autorité des Staatsen. Le port eut à subir de lourdes pertes. C'est la raison pour laquelle l'on parle de la « Fermeture de l'Escaut ».
Fort Lillo conserva son rôle de forteresse jusqu'en 1894 puis évolua pour devenir un petit village fortifié doté de bâtiments militaires bien gardés. Lillo est aujourd'hui une oasis historique pittoresque dans le paysage industriel portuaire. Vous pouvez y visiter le Musée des Polders ainsi que le village-polder de Doel, de Pâques à fin-septembre, accessible par bac le samedi, le dimanche et les jours fériés.
D'après le Plan de maîtrise (Masterplan), Lillo subira une métamorphose suite à la surélévation des digues de l'Escaut : le petit port de marée sera déplacé et la forme pentagonale originale du fort sera restaurée. Une terrasse panoramique viendra surplomber la digue et permettra aux visiteurs d'embrasser la position stratégique du fort.